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據(jù)《方氏宗譜》載，大佳何溪上方村的方姓家族，“方氏也，吾寧望族也。其先世玄英先生十五世孫于宋初由桐廬遷居緱城。”舉國之內，多人識得方孝孺，鮮有人知其與家鄉(xiāng)寧海淵源。方孝孺身上的硬氣和正氣精神均承襲家鄉(xiāng)寧海的精神傳統(tǒng)。少時誦讀四書五經(jīng)，吟詩作對，超乎常人，人稱“小韓子”。他的學術造詣，不得不提他的父親——方克勤。方克勤，曾任濟寧知府，政績卓著，深得百姓愛戴，《明史·循吏傳》也載其事跡。方克勤有三子：孝聞、孝孺和孝友。
方孝孺便出生在這樣的書香門第之家。三歲時，父親教他識數(shù)目。四歲教他識字。五歲方孝孺可辯章句。據(jù)說六歲時，方孝孺便寫下《題山水隱者》一詩：“棟宇參差逼翠微，路通猶恐世人知。等閑識得東風面，臥看白云初起時。”此后，方克勤就帶方孝孺到陵南谷草堂親自教授圣賢之書。據(jù)說，原先陵南谷草堂為三開間，屋后有穴清泉，清泉往下流，流成了一個水潭，深不可測。草堂前有一小塊平地，似操場一樣可作玩耍，站在場地上，向北望山下是一馬平川的田野，遠眺象山港船帆點點，西看飛鳳、白象二山環(huán)抱相對，四周綠樹成蔭，翠竹掩映，一派蒼翠宜人的優(yōu)美環(huán)境，方孝孺就在此處讀書。
據(jù)說方孝孺讀書不僅專心效率也高，他每天讀圣賢典籍可以超過一寸。而對于陵南谷草堂的苦讀，方孝孺在中年時也曾寫過一首《草堂詩》回憶草堂苦讀的時光，“草堂舊在陵南谷，勤把詩書向窗讀。學門長掩寂無人，惟有白云相伴宿。”總而言之，方孝孺治學素養(yǎng)和為政之道與早年的勤學苦讀圣賢之書密不可分。
據(jù)寧�，F(xiàn)方氏宗長方功勝介紹，方孝孺故事口耳相傳的有很多。據(jù)說明洪武十四年(1381)，寧海前童有識之士童伯禮，在前童石鏡山下建石鏡精舍，藏書數(shù)千卷，并先后于洪武十八年(1385)、洪武二十二年(1389)兩度聘請方孝孺前來為童氏子弟講學。第一次到前童講學的方孝孺僅有13歲。方孝孺在此講學，著書立說，課教弟子，人才輩出，使之成浙南知名學府。方孝孺不但為童氏家族的教育事業(yè)付出一定的心血，還奠定了對童氏家族組織與道德建設的規(guī)范性基礎，主要表現(xiàn)在制定族規(guī)及祭祀制度并設計了前童宗祠。而且，還為童氏子孫制定了“敦孝悌、秉忠貞、廣言行、明禮義、達家邦”十五字行輩。這十五字日后更成了童氏治家理族、安身立命的行為規(guī)范和道德標準，體現(xiàn)了儒家學說在童氏家族建設中的全部要旨。然而好景不長，寧海方氏一族的命運開始了第一次轉折。
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空印案是發(fā)生在洪武九年間的要案之一。明朝規(guī)定，各地每年都要派人到戶部報告地方財政賬目，而地方賬目必須跟戶部審核后完全相符，這一年的地方財政計劃才能完成。如果對不上，即使只是一個數(shù)字，賬目就必須重新填造，更讓人為難的是所有重修賬冊必須要蓋上原衙門的印章才算有效。這樣地理位置距離中央較遠的一些衙門官員因為數(shù)據(jù)對不上往返奔波的成本增加，少則一月，多則數(shù)月。為了方便起見，一些上報的官員隨身攜帶提前印好原衙門印章的空白賬冊單，以便核準之后再添加數(shù)據(jù)，長此以往便成為慣例。不過皇帝朱元璋一直被蒙在鼓里，直到東窗事發(fā)，即定義為官員們營私舞弊，貪污作祟，所有牽涉官員一律處死。方孝孺的父親也在其中，身為廉潔官員卻被誣致死。父親被殺后，19歲的方孝孺赴京將父親的遺體護送回寧海。
對于父親的遭遇，方孝孺在《葉鄭傳》提到，空印案發(fā)生時，“凡主印吏及署字有名者皆逮系御史獄。獄凡數(shù)百人。士利兄亦以河南時空印系獄中”。士利兄即為鄭士原，曾任河南懷慶府同知，此時任湖廣按察司僉事。鄭士利在“空印案”案發(fā)之初就想上疏，但為了避免受人懷疑是為救其兄，所以一直等到鄭士原出獄之后才敢上疏，就是為了替留在獄中的死囚申辯。但朱元璋還是“竟殺空印者”。
“空印案”發(fā)生，方克勤含冤被殺，《方氏宗譜》載，19歲方孝孺親赴南京，護送父親靈柩返回寧海。這個時候方孝孺可能還是沒有明白父親遭遇的一切，對政治和出仕依然有自己的立場和抱負。
